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明嘉靖四十三年，在北京城西南取“安定、安宁”之祥意，建右安门，以护城市的安康。建国初期，彭真市长亲临右安门外，规划始建北京第二传染病医院，其建筑规模与学科设置均为亚洲之首。1989年更名为北京佑安医院。2003年成为首都医科大学附属北京佑安医院、首都医科大学第九临床医学院及首都医科大学传染病学系主任委员单位。相继建有北京市肝病研究所、北京市中西医结合传染病研究所、国家中西医结合肝病重点专科、北京市乙型肝炎与肝癌转化医学重点实验室、北京市艾滋病重点实验室、北京市重大疾病临床数据样本资源库、国家药物临床试验机构、首都医科大学肝病与肝癌临床研究所、北京市国际科技合作传染病转化医学基地。医院与美国华盛顿大学、英国牛津大学、加拿大卡尔加里大学联合共建：中美传染病及慢性相关性疾病临床研究合作中心、中英感染与传染病联合临床研究基地、中加联合肝病研究所等临床科研机构；同时承担卫生部全国传染病专科医师进修基地、国家中医药管理局传染病、艾滋病中药治疗基地。
建院56年来，伴随着医学科技的飞速发展、医学模式的转变以及医疗卫生服务体系的改革，医院在急性传染病诊治、突发公共卫生事件应对及科研、教学、管理等方面都取得了极大的发展，昭示出新中国传染病防治事业的辉煌成就。
近30年来，面对人口老龄化、传染性疾病慢性化以及人民群众对医疗保健需求的不断增长所带来的巨大挑战，医院就中长期发展方向与战略定位进行了重新调整和规划。
今天的佑安医院是一家以感染、传染及急、慢性相关性疾病群体为主要服务对象和重点学科，集预防、医疗、保健、康复为一体的大型综合性医学中心；并搭建起国际化高新医药科技临床与转化医学高端平台。全面实施了整体化转型，即：服务范围由单纯传染病向感染、传染及急、慢性相关性疾病转化；服务对象由个体和疾病向疾病群体转化；经营运作由偏重追求经济效益向为社会和病人提供优质服务转化；服务方式由偏重诊疗向防、治、保、康一体化转化；发展模式由专科医院向以感染、传染病为重点学科的综合性医学中心转化；服务能力由单一偏科型向提高个人综合能力和医院整体实力转化。
同时提出临床与转化医学“一二八”战略发展模式。即在临床、科研、教学一体化核心战略指导下，实施与基础研究机构密切交流合作，与医药制造企业结成战略性合作伙伴的双向联合与合作；整体构建八个支撑平台，即：以科研数据为基础的标准化电子病历平台；以数据样本库为基础的临床研究资源平台；以系统疾病为基础的中心化学科建制平台；以现代化信息技术为基础的电子信息网络平台；以临床与转化研究相适应的仪器设备平台；以临床研究为核心的循证医学顶层设计平台；以临床与转化研究为导向的人才团队平台及广泛开放的国际国内学术交流合作平台。
在学科发展上，确立了：病毒性肝炎与肝癌；艾滋病与新发传染病；感染、肿瘤与移植免疫；微生物、生物与再生医学；中西医结合及临床与转化医学研究六大发展方向。形成了以系统疾病为基础，临床内外科、医技科室及临床研究实验室相结合的肝病中心、感染中心、妇幼中心、肿瘤微创介入治疗中心、泌尿中心、五官中心、急诊中心、临床检验中心、医学影像中心、临床病理中心，生物医学信息中心以及依托于康乐家园和爱心家园的家庭医生责任制慢病管理中心。
短短数年，佑安医院在病毒性肝炎的感染机制与流行病学、肝炎病毒学检测与抗病毒治疗、肝病内分泌与免疫学、肝病生物学诊疗技术、肝病消化内镜技术、人工肝技术、乙肝产妇母婴阻断技术、肝病危重症诊疗与监护技术、肝脏移植技术、肝癌个体化综合诊疗技术、传染病与肝病中西医结合诊疗技术、艾滋病临床与基础研究、国家药物临床试验机构、生物医学信息网络与分析技术等诸多领域形成了完整的学科发展链，其中，乙肝相关肝癌早期分子诊断标志物筛查与早期生物治疗干预技术、联合ADV-TK基因治疗肝癌的临床新策略诊疗方案、肝移植术后乙肝主动免疫重建及肝移植围手术期脏器功能保护技术均达到国际领先水平。
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