医院设有皮肤科、脾胃病科、针灸中心、心血管科、疮疡外科、肿瘤科、急诊科、护理学、皮肤科、脾胃病科、针灸中心、心血管科、疮疡外科、肿瘤科、急诊科、护理学、肾病科、心身医学科、药学部、妇科、骨科、儿科、肛肠科、康复科、呼吸科、风湿病科等科室。其中,卫生部国家临床重点专科8个(皮肤科、脾胃病科、针灸中心、心血管科、疮疡外科、肿瘤科、急诊科、护理学),国家中医药管理局重点专科13个(皮肤科、脾胃病科、针灸中心、心血管科、疮疡外科、肿瘤科、急诊科、护理学、肾病科、心身医学科、药学部、妇科、骨科),北京市中医管理局重点专科5个(儿科、肛肠科、康复科、呼吸科、风湿病科),北京市中医特色诊疗中心7个(中医皮肤科、中医心血管、消化中心、针灸、中医儿科、中医妇科及中医治未病中心)。另外,还设有北京市中医研究所、北京市中药研究所、北京市国际针灸培训中心、北京市赵炳南皮肤病研究中心等。