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首都儿科研究所（Capital Institute of Pediatrics）是一所以医学基础研究、儿科疾病发病机理研究、儿童保健为重点，承担有医疗、教学和预防任务的应用医学研究机构。

研究所前身是中国医学科学院儿科研究所，成立于1958年，是新中国第一家儿科医学研究所。1983年改隶北京市，1984年开设门诊，1986年建立首都儿科研究所附属儿童医院。1993年，在京郊顺义区组建“北京市医用生物制品中试基地”。

截至2014年6月，研究所及附属儿童医院占地面积43.15亩，科研医疗建筑面积38074m2；有员工1400余人，已培养博士、硕士300余人   。

1958年，中国医学科学院儿科研究所成立。

1978年，研究所开始在中国医科院进行研究生招生。

1983年，研究所改隶北京市，1984年开设门诊，1986年建立附属儿  童医院。

1990年，经国务院学位委员会批准，研究所获得了独立培养并授予儿科学硕士学位资格。

1993年，在京郊顺义区组建“北京市医用生物制品中试基地”。

1996年，附属儿童医院被批准为北京大学医学部教学医院，与协和医院儿科共同申报协和医院大学儿科学博士学位点获得批准。

2002年，获得北京大学医学部独立培养授予儿科学硕士学位资格。

2005年，附属儿童医院获批成为北京地区儿内科住院医师培训基地。

2006年，获得北京大学医学部独立培养授予儿科学博士学位资格，附属儿童医院获批成为北京地区儿外科住院医师培训基地。