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医院重点学科有肿瘤内科、中医内科、变态反应科、胃肠肿瘤及肝胆肿瘤外科、腹膜肿瘤外科、消化内科、医学检验科。医院重点发展学科是心血管内科、介入治疗科、妇产科、血管外科、结直肠肿瘤外科、神经与精神科、脊柱外科、呼吸内科、药剂科；淋巴外科、干部医疗科、手术室麻醉科、耳鼻咽喉头颈外科、神经外科、脑胶质瘤科被评为医院特色学科。
肿瘤中心是全国成立最早、专业齐全的肿瘤学科之一，2008年，首都医科大学在医院挂牌成立肿瘤学系和临床肿瘤中心。中心拥有9个临床科室、1个肿瘤研究室及1个转化医学中心，同时拥有一批国内外著名的肿瘤专家，依托北京市肿瘤治疗性疫苗重点实验室、肿瘤细胞免疫治疗研究中心、北京市中西医结合肿瘤研究所、肿瘤药物一期临床实验室和中心实验室这五个平台，在肿瘤专业的基础研究、临床研究方面独占鳌头，形成了肿瘤早期筛查、早期诊断、手术治疗、化疗联合免疫治疗、介入治疗、中西医结合治疗等诊疗特色，并打造了肿瘤多学科联合诊疗、肿瘤微创治疗的特色诊疗技术。
国际知名的医院腹膜癌诊疗中心，在国内率先开展了腹膜癌的规范化细胞减灭术加腹腔热灌注化疗术，大幅度提高了病人的生存率。消化内镜诊疗中心较早开展早期食道癌、胃癌、结肠癌、癌前病变的内镜下诊断及治疗，技术全面而精湛。
近几年医院肿瘤微创治疗发展迅速，运用腔镜技术开展胃肠道、结直肠、肝胆、妇科、呼吸系统、神经系统及泌尿系统等肿瘤微创术治疗技术处于国内先进水平。另外，在头颈肿瘤、骨肿瘤、超低位直肠癌、乳腺肿瘤、脑胶质瘤、儿童实体瘤及淋巴瘤等方面的治疗独具特色，为患者量身打造科学化的诊疗方案。
在以肿瘤专业为核心发展的同时，医院其他学科也迅速发展，成绩斐然。2013年变态反应科获得国家临床重点专科建设项目。在花粉过敏症、食物过敏及过敏疑难症等方面的临床科研与国际接轨，形成知名品牌。中医内科是国家中医药管理局中医糖尿病重点专科和国家中医内分泌临床重点专科建设项目，积极创建“北京市中西医结合肿瘤临床诊疗中心”。医学检验科是北京市尿液细胞分子诊断重点实验室，通过（CAP）认可、校准实验室
| 首都医科大学附属北京世纪坛医院（北京铁路总医院），原为铁道部北京铁路总医院，创建于1915年，是有着百年悠久历史的集医、教、研、防于一体的综合性三级甲等医院，是首都医科大学附属医院、首都医科大学肿瘤医学院和北京大学第九临床医学院。1989年通过全国首批三级甲等医院评审，先后被卫生部授予“全国百佳医院”、世界卫生组织授予“爱婴医院”、铁道部授予“铁路十佳医院”、北京市卫生局授予首都地区综合医院“双十佳人民满意医院”等称号。自2001年以来，医院被评为中央国家机关文明单位和首都文明单位。2008年，医院被认定为北京市医疗保险定点A类医院。2013年，医院成为首都医科大学附属北京世纪坛医院医疗联合体核心单位，2013年8月，医院荣获全国援外医疗工作先进集体、首批国家级全科医生规范化培训基地、北京市健康促进示范基地；肿瘤治疗性疫苗实验室成为北京市重点实验室。2014年成为北京市高危孕产妇市级抢救指定医院。2015年，医院被评为北京市“十佳”住院医师规范化培训基地、肿瘤免疫治疗北京市国际科技合作基地及北京市尿液细胞分子诊断重点实验室。医院与美国杜克大学、英国卡迪夫大学和美国Advocate Christ 医疗中心建立科研和人才培养合作关系；与德国汉堡大学儿童血液肿瘤中心建立临床合作项目，与军事医学科学院基础医学研究所共建转化医学研究中心。 |
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